“十三五”以來，云南省中醫藥系統認真貫徹落實國家衛生事業和中醫藥發展“十三五”規劃，將中醫藥工作納入本省規劃綱要，積極推進中醫醫療服務體系、服務能力建設、人才隊伍建設等各項工作，基本完成“十三五”規劃總體目標。
“十三五”期間，云南省大力發展中醫藥醫療服務，完善中醫藥服務體系，實現州市三級中醫(民族醫)醫院全覆蓋，41所縣級中醫醫院納入標準化建設項目，總投資16.36億元。備案中醫診所307所，全省民辦中醫醫療機構突破1400個。全面提升中醫藥醫療服務質量，建設10個省級中醫臨床重點學科、7個病種中西醫協同協作試點基地、2個中醫康復服務能力規范化等一批項目建設。2016~2020年，投入中央、省級資金9283萬元，支持1170個社區衛生服務中心(鄉鎮衛生院)、7360個村衛生室中醫科中藥房建設，提升縣、鄉、村三級醫療機構中醫藥服務能力，中醫總診療量達到2000萬人次。
此外，云南省加快發展中醫養生保健服務，全省二級以上中醫醫院均建立治未病科，86.45%村衛生室能提供中醫健康干預服務。基本公衛中醫藥健康服務質量明顯提升，服務范圍和人群不斷拓展，各地嚴格按照服務規范和技術規范為 65 歲以上老年人、0-3歲兒童分別提供中醫體質辨識、中醫調養及健康指導服務。
在推進中醫藥繼承創新方面，云南省實施中醫藥傳承工程，系統整理發掘傣醫藥、彝醫藥古籍精華，研究學術理論、流派及學說，編纂《中華醫藏》。在加強人才隊伍建設方面，云南省政府與國家中醫藥管理局簽署了共建云南中醫學院協議，實現了國醫大師評選“零”的突破，2人入選“全國名中醫”，2人獲全國中醫藥杰出貢獻獎， 5人入選云嶺名醫。
“十三五”期間，云南省著力推進中藥保護和發展，實現中藥資源普查工作129個縣全覆蓋。根據《中藥材產業扶貧行動計劃(2017-2020年)》，會同云南省工信委等4部門印發《云南省實施“定制藥園”工作方案》，現已評審確定65家“定制藥園”。
云南省還健全中醫藥管理體制，省級和13個州市建立了中醫藥工作協調機制，建立中醫藥工作聯席會議制度。深化醫藥衛生體制改革，貫徹落實了醫保對中醫藥服務的報銷扶持政策，住院、門診中醫藥服務報銷比例較西醫藥提高5%~10%，中醫醫院住院起付線降低10%。
在新冠肺炎疫情聯防聯控工作中，云南省19家中醫醫院選派169名醫護人員參加援助湖北醫療隊，積極開展中醫藥救治工作。全省累計報告確診病例204例中(含經航空境外輸入性確診病例30例)，192例使用了中醫藥治療，治療率達到94.12%。
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